Ağız kokusunun en çok gözlenen nedeni, ağız içindeki hastalıklar. Diş çürükleri, ağız bakımının yetersiz olması, diş taşı oluşumu, dişetlerinin ve ağız içindeki mukozanın iltihabı, iyi temizlenmeyen protezler, ağız kokusuna yol açabilir.

Geniz bademciklerinin enfeksiyonları, burunda kronik nezle ve sinüzit, kronik yutak ve gırtlak iltihapları da birer ağız kokusu nedeni. Kronik bronşit ve akciğer absesi gibi solunum yolu rahatsızlıklarında da ağız kokusu olabilir. Böbrek yetmezlikleri sonucunda ortaya çıkan üremide nefeste amonyak kokusu, kronik karaciğer hastalığında fare ölüsüne benzeyen nefes kokusu ve şeker komasındaki aseton kokusu bu tip ağız kokularıdır.